My favourite subject ( is или was) Maths last year.

Слова last year (в прошлом году) не только уточняют момент совершения действия, но и указывают на то, что данное предложение составлено во временной форме Past Simple.  Значит ставим глагол to be в прошедшее время (was для единственного числа и were - для множественного):

My favourite subject was Maths last year. – В прошлом году моим любимым предметом была математика.