Молекулы вещества притягиваются друг к другу. Почему же между ними существуют промежутки?

На расстояниях, сравнимых с размерами самих молекул (атомов), заметнее проявляется притяжение, а при дальнейшем сближении - отталкивание.

потому что кроме сил притяжения между молекулами действуют силы отталкивания ( особенно если пытаться вещество сжать)