Молекулы делятся на атомы. Атом состоит из ядра и электронов, а ядро - из протонов и нейтронов . Почему нельзя сказать, что вещества состоят из протонов, электронов и нейтронов?

Потому что вещества делятся на смеси и простые вещества. А ядро бывает положительно заряженным и отрицательно заряженным (+ -)