Молекула делится на атомы. Атом состоит из ядра и электронов, а ядро - из протонов и нейтронов. Почему нельзя сказать что вещества состоят из протонов, электронов и нейтронов.

Потому, что исходя из этого ответа,  я тогда спокойно могу сказать, что ядро состоит из электронов. Но это не так. Рассуждайте от противного.