Известно, что чем больше скорость движения молекул тела, тем выше его температура. Почему же не нагревается пулька, выстрелянная в тире из пневматического ружья, хотя все ее молекулы движутся к мишени с большой скоростью?

кинетическая энергия пульки ни как не связана в данном случаи с ее внутренней энергией. Внутренняя  энергия не меняется, температура не меняется. Для нагревания пульки надо совершить над ней работу( потереть или деформировать) или передать ей тепло.