Может ли потенциальная энергия быть отрицательной? Почему?

Да, может. Значение потенциальной энергии зависит от выбора нулевого уровня её отсчёта . Можно выбрать за этот уровень пол, можно потолок, можно дно ямы и др.  Например, взяли за нулевой уровень отсчёта потенциальной энергии пол 1 этажа. Тогда для тела на втором этаже Ep>0,  а для тела в подвале дома  Ep<0.