почему атомы не называют не неделимыми?

Потому что уже давно доказано, что атомы состоят из более мелких частичек. Протонов, нейтронов в ядре и электронов на орбитеПротоны и нейтроны современная наука тоже не считает неделимыми (с 1964 года), а неделимость электронов пока не обнаружена