молекула делится на атомы, Атом состоит из ядра и электронов,а ядро-из протонов и нейтронов,Почему нельзя сказать,что вещества состоят из протонов,электронов и нейтронов?

Да потому что каждое мельчайшее вещество называется неделимым, но это не так, недавно меньше атома частиц не было, сейчас с развитием техники вывели частицы меньше атома в несколько раз! Наука не поспевает за техникой.