Молекулы вещества притягиваются друг к другу. Почему же между ними существуют промежутки?

Потому что наравне с силой притяжения существует сила отталкивания. Все тела в пространстве взаимнооталкиваются. Даже если взять стол и человека. Они отталкиваются. Но эта сила ничтожно мала, но в тоже время к чему-то вплотную прикоснуться нельзя))