в верхней точке полета проекция вектора скорости на вертикальное направление Vy=0. значит ли это, что и ускорение тела в верхней точку полета равно нулю

Нет не значит потому что во все время полета под действием силы тяжести тело движется с ускорением g=Fт/m  ( если тело двигается только под действием силы тяжести)