Вода Байкала отличается необыкновенной чистотой и прозрачностью. Белый диск Секки, применяемый для определения прозрачности виден в Байкале до глубины 40 метров.На мелководьях и в устьях рек прозрачность воды значительно ниже, чем в глубоководных районах. В период весеннего развития водорослей происходит постепенное уменьшение прозрачности воды, и в марте мае белый диск даже в глубоководных районах становится невидимым уже на глубине 8-10 метров.