многие деревни и села в России имеют название " горки" они действительно были на горе?

Не обязательно. Они могут быть расположены на высоком берегу реки, или на холме, или вообще на островке.  Такие значения  слова "горка" зафиксированы в  русских словарях и книгах, начиная с 16 века.

Старо Русское древние название "Горки", в переводе на современный язык значит "Город на холме". Когда то давно, на этих местах были "горки", но сейчас многие исчезли, а название осталось. Тем не менее во время крушения СССР многие деревни переименовали.