в органической химии часто вижу нарисованные химические связи не просто чёрточками, а утолщающейся линией и прочерками. Что есть это?

например, связи в метане на вики (ссылку Знания видит как оскорбление)

толстая черта - это значит, что связь в пространстве направлена вниз относительно плоскости. С прочерками- наоборот, вверх. Такая запись позволяет определить строение молекулы в пространстве.