О химическом элементе или простом веществе идёт речь в предложении?
 
В молекулах белков содержатся атомы азота 
- простое вещество
- химический элемент

В молекулах белков содержаться атомы химического элемента азота.Правильный ответ, химический элемент.

Если  говорится  АТОМЫ  АЗОТА, то  речь  об  элементе  азот.Если  бы  говорилось  МОЛЕКУЛЫ...., то  речь  о  простом  веществе