В химической реакциях атом фосфора принимает электроны на третий энергетический уровень?

Может принимать, а может и отдавать.

Например в соединении РН₃ он принимает электроны на третий энергетический уровень и проявляет степень окисления -3. А в соединении Р₂О₅ - отдает электроны и проявляет степень окисления +5.