Если все состоит из атомов, а атомы не имеют цвета, мы все равно видим все красочно?

да

Это фотоны

Цвет объекта зависит от состава спектра электромагнитного излучения, которое на него излучается, и длины волн, которые в нем содержатся в определенных пропорциях. И именно от качества света (светового потока) и его уровня CRI зависят цвета вокруг вас. Свет – физическое явление, а вот цвет – явление физиологическое.

Вывод?

Забей, лучше выпей кофейка

Во-первых, всё состоит не только из атомов. Во-вторых, цвет появляется только в нашей или Вашей голове. Никто не знает какой у кого цвет в голове, но мы у разных предметов называем их цвет одинаковыми словами. Потому и думаем, что видим их одинаково.