Откуда берется масса атома?

смотри таблице Менделеева. Например Водород(Н) молекулярная масса - 1, 00794 (грамм на моль) их умножаешь на моль к примеру 2 = масса иона водорода 2 грамма 

от массы протона и нейтрона. электрон почти ничего не весит.