Почему церковь обычно осуждали взимание платы за обучение 

Потому что церковь является оплотом справедливости, бескорыстности. Поэтому атеисты пользовались необходимостью церкви в деньгах и старались осудить ее. (церковь, конечно, не была идеальной. Были и излишние поборы и вмешательство в дела госудаственные, но было это в Средневековье)