В середине 90-х годов XX века Эстония стала наиболее "горячей точкой" Вселенского Православия. Тяжелая ситуация, в которой оказалась Эстонская Православная Церковь, явилась результатом всплеска неразумного национализма после распада СССР. 22 мая 1999 года в приветственном послании Патриарха Алексия II в адрес Совета Церквей Эстонии говорилось: "Не секрет, что процесс обретения независимости и роста национального самосознания граждан Эстонии не всегда проходил гладко с точки зрения межнациональных и межкультурных связей". (1) Государственные власти Эстонии фактически не препятствовали явному нарушению прав русскоязычного населения, ущемляли свободу совести десятков тысяч православных христиан. Давлению подвергались священнослужители, монашествующие и миряне Эстонской Апостольской Православной Церкви с целью побудить их к самовольному разрыву канонической связи со Священноначалием Московского Патриархата.