Его мирские имя и отчество - Фёдор Степанович, а фамилия - Колычёв. На свет появился он в 1507 г. До пострига он 1,5 года жил в Соловецком монастыре как послушник. В 1548 г. его сделали игуменом монастыря. В 1551 г. он стал одним из участников Стоглавого собора. Сан московского митрополита им был получен в середине 1566 г. В 1568 г. между ним и царем произошел конфликт, так как Филипп не одобрял опричную политику. Он был лишен сана и отправлен в монастырь в Твери. Спустя год он был задушен Малютой Скуратовым - видным царским опричником.