Первое противоречие состояло в том, что Никон считал церковную власть равной, о во многих ситуациях выше царской. Во-вторых, он хотел добиться отдельного, неподконтрольного светским властям судопроизводства в церковных делах (это было устранено Соборным уложением 1649 года).
Во-первых, усиление влияния патриарха никак не могло понравиться ни царю, ни боярам, ни даже части высших церковнослужителей. Во-вторых, сыграл свою роль сложный характер Никона, его излишняя самоуверенность, самонадеянность. Если бы он не вступил в прямой конфликт с царём, сам не отказался от патриаршества, возможно ему бы удалось избежать опалы.