За период с 1689 по 1725 год появились такие новые органы и должности:
- Обер-прокурор и Синод. После смерти патриарха Петр I не допустил избрания нового, а с 1721 для управления церковными делами создал Синод.
- Коллегии. Они заменили многочисленные приказы, которые существовали с начала XVI века. Создавались с 1717 по 1722, а в 1720 появился еще один орган - Главный магистрат, он координировал их деятельность. Коллегий сначала было девять, каждую возглавлял президент.
- Сенат. Создан в 1711, его возглавлял генерал-прокурор.
- Губернаторы, они возглавляли новые административные единицы - губернии, например, Сибирскую губернию возглавил Матвей Гагарин.