Родился в городке Штольберге близ Герца. Сын казнённого графом крестьянина.Став священником, всю жизнь проповедовал по городам и сёлам Верхней и Средней Германии. В 1520 г. в городке Цвиккау Мюнцер сблизился с сектантами из подмастерьев ткачей, ждавшими наступления «Царства Божьего на земле». Участие в борьбе крестьян и бедных горожан с монахами-францисканцами побудило Мюнцера горячо поддержать М. Лютера.Однако в Реформации (общественное движение в Западной и Центральной Европе в XVI в., направленное против Римско-католической церкви) он видел лишь одну из мер, способных привести к воплощению божественной справедливости в мире. Не только отобрать владения Церкви, но и справедливо поделить на всех «ремесленников и пахарей» имущество «безбожников» (к последним относились знать и богатые горожане) — вот что следует сделать, чтобы исполнить волю Бога, считал Мюнцер.Власть должна быть отдана простому народу, твердил Мюнцер в своих проповедях, а уж затем народные массы, эти «ревнители Бога», нравственно усовершенствуются и построят на земле «Царство Божье» на основе «общности имуществ». Помимо народного сектантства и мистики в проповедях Мюнцера явно отразились взгляды чешских таборитов, тем более что он странствовал по Чехии и именно в Праге опубликовал свой «Манифест» (1521 г.) на чешском, латинском и немецком языках.