При ком Новгород теряет независимость и окончательно входит в состав Руси?

Это произошло в 1478 году. В этот же период времени начался активный процесс объединения русских земель под управлением Ивана 3. Два года спустя Ивану 3 удалось разгромить войска монголо-татар, в связи с чем, Русь смогла освободиться от влияния орды. Уже за годы правления Василия 3 процесс воссоединения русских земель практически завершился, что стало залогом создания централизованого государства.