почему в годы "военного коммунизма" не был реализован принцип коммунистической теории "об отмирании насилия и замене

Потому что молодая Республика Советов оказалась на грани полного уничтожения и восстановления капиталистических порядков. Революционную Россию со всех сторон окружили белогвардейские реакционеры и интервенты. В стране началась инфляция и перебои с поставками хлеба. Необходимость выживания поставила вопрос о жёсткой централизации и применении силовых мер.