Почему церковь преследовала инакомыслие? 

потому, что сущность бизнесменов от церкви агрессивна, как и любой бизнес - стремится расширять свою зону влияния. Не гнушаясь при этом клеветой, наветами, ложью, забалтыванием, подтасовками фактов и понятий.