Изменился ли смысл понятия колония в Новое время по сравнению с его значением в предшествующий период истории

Да, изменился. В древности колония - это был небольшой город, который основали поселенцы на новой земле. Такой город не имел политической привязанности. В новое время колония обрела совсем другой смысл. Тогда это была территория, которая была захвачена колониальной империей. На этой территории жили и работали люди, которые по сути выступали собственностью завоевателей. Таким образом, в новое время начинают возникать колониальные империи: Португалия, Испания, Англия и тд.