Можно ли считать что Петровсие преобразования были подготовлены Федором и Софьей?

Только отчасти. Федор (старший брат Петра I, царь с 1676 о 1682) провел ряд реформ похожих на петровские, например, ввел новое налогообложение (подворное) и провел перепись населения и создал первый бюджет в истории России. При нем отменили местничество и сформировали полки Нового строя. Таким образом, его курс был похож на петровский 1690-ых.

Софья была регентом, что сдерживало ее возможности как правителя, при ней получилось войти в военный альянс с Польшей и Австрией против Крымского ханства и Османской империи. Эту войну продолжил Петр I в 1695-1696, взял Азов и построил на юге флот, а потом вместе с Речью Посполитой начал воевать со Швецией. 

Разница была в том, что Петр I не был больным, как Федор и регентом, как Софья, он поехал в Европе в 1697-1698 знакомиться с передовым опытом.