В 1687 году Софья закончила начатое еще при Федоре по инициативе Симеона Полоцкого дело. Было создано первое в России

В 1687 году было достроено здание, куда переместилась Славяно-греко-латинская академия. С этого момента ведется отсчет высшего образования в Российском царстве. Хотя сама академия была не светским учреждением, а духовным, в ней могли учиться не только дети высшей знати, но и купцов, и холопов. Максимальное количество учащихся на момент закрытия -  1600 человек. Из стен этой академии вышел Ломоносов – основатель Московского университета. При академии действовала самая большая библиотека в Русском царстве и театр, в котором ставили постановки на библейскую тематику.