объясните почему для включаемых в состав российской империи польских земель предусматривалось особое управление.

Может, Польша была католической, Литва  была православной до того как Польша её не подчинила. Папа Римиский мог направить войска для отчищения от ереси(православие). Ну и конечно же мог быть бунт.