Повість складається з 3 частин, бо Р. Бах показав 3 ступені духовного вдосконалення Джонатана. 1- усвідомлення ідеї свободи; 2- досягнення досконалості; 3-прагнення поділитися знанням вищої істини з учнями, щоб вони також втілили ідею Великої Чайки – всеосяжну ідею свободи.