Как вы понимаете фразу Не прошло и получаса, как сердце его начало ныть, ныть, беспокойство овладкло им до такой степени, что он не утерпел и пошёл сам к обедге

Привет!!! Вот ответ.

Это значит, что человека начала грызть совесть(в переносном значении) и совесть не вытерпела и сгрызла все недостатки.