почему несмотря на отказ Гринева перейти на сторону повстанцев Пугачев отпустил его?

Из-за уважения. Пугачёв уважал в Гринёве честность, благородство. Пётр не побоялся перечить, отказав перейти на другую сторону, что является довольно смелым поступком, вызывающий уважение. Таких людей всегда ценили, Пугачёв не исключение. Плюс можем вспомнить про заячий тулуп, речь о которой велась чуть ранее в повествование. Пугачёв и это мог вспомнить, что добавляет к качествам Гринёва ещё и доброту вместе с состраданием.