Почему царь так долго не давал разрешение на публикацию Бориса Годунова

Потому что требовалось некоторое время, чтобы антимонархическое восстание декабристов отошло в область преданий и оказалось полностью перекрыто другим событием, каким явилось польское, то есть антирусское, восстание 1830 года, поменявшее общее настроение.