Почему Екатерина 2 хотела уничтожить сечь (Тарас Бульба)

Для ответа на этот вопрос мы просто должны хорошенько взглянуть на эту Сечь. 

В частности на то, как она описывается в этом произведении. 

Там написано, что это - опаснейшее место. Что здесь постоянно происходят различные бои. Герои сами прекрасно понимают, что им крупно повезло, что они добрались живыми.

Кроме того, в Сечи живут казаки. А казаки не подчиняются воле императрицы. Они сами себе хозяева. 

Вот и выходит, что Сечь - очень опасное место, а люди, живущие в ней, не признают власть.