Шофер в таком случае несет гражданскую ответственность, если не докажет что машина попала в аварию в результате непреодолимой силы, или по вине третьего лица.В таком случае все расходы понесет либо водитель по договору перевозки либо причинитель вреда(если виновен в аварии).Обращаться с иском в суд,если конечно есть договор перевозки,поставки. Но это странная ситуация, так как перевозчик,услуги какой-то компании, всегда страхуют перевозимой груз, в том числе перевозка от организации.