могут ли оставить на второй год из-за 2 по физ-ре

За 2 могут, но обычно школьные преподаватели стараются сделать всё, чтобы не ставить 2. В школе двойка считается в первую очередь промахом учителя

ну так-то да, но по физ-ре не знаю, учитель виноват или ученик

смотря как у вас в школе по этому поводу. говорят, если только две двойки в четверти оставляют. а если только по одному предмету, то... ну мне кажется нет