В бюджете города N на 2016 год -Департаменту образования было выделено 2 миллиона рублей на ремонт школ города к началу учебного года. Однако в течение года администрация города приняла решение, что 1 миллион рублей из этих средств должен быть израсходован на ремонт больниц в городе в связи с недостаточностью средств, выделенных на эти цели.

Соответствует ли это решение принципам бюджетной системы РФ? Если нет, то какой принцип нарушен?

Нет, не соответствует. Если средства выделены департаменту образования, они не могут быть использованы в качестве бюджета департамента здравоохранения. Нарушен принцип адресности и целевого характера бюджетных средств. (Принципы бюджетной системы Российской ФедерацииГлава 5. Принципы бюджетной системы Российской Федерации) бюджетный кодекс рф