Завод измерительных приборов отправил партию измерительного оборудования научно-исследовательскому институту. В пути

В разных ситуациях возможны различные варианты решения этой проблемы.

1) Если в обязанность продавца входит доставка товара, то договор купли-продажи считается исполненным с момента получения или доставки товара (подробнее можно посмотреть в части 1 статьи 458 Гражданского кодекса РФ). В данном случае НИИ и правда не должен платить.

2) Если же в обязанность продавца не входит доставка товара, то риск гибели товара переходит на покупателя. Т.е. к заводу никаких претензий быть не должно (часть 2 статьи 458 Гражданского кодекса РФ).