Уголовное дело было возбуждено 2 недели назад.Но неделю назад оно перешло из категории Уголовного в Административное.

По какому кодексу будет наказание?

Дело не может перейти из одного в другое. Уголовное дело в таких случаях прекращается, а административное возбуждается (материалы уголовного дела могут быть переданы, если нужно)Наказание, естественно, будет по КоАП РФ назначено.