Исправить речевую ошибку. Недостатком диссертационного исследования является недостаточно глубокая разработка некоторых важных вопросов.

недоработкой (слитно)

недостатком и недостаточно - одно из этих слов нужно заменить синонимом. вместо "недостатком" можно сказать недочетом, не доработкой, минусом и т.п. или вместо "недостаточно глубокая" поверхностная, неглубокая, недостаточная и т.п.