Почему учителю не понравилось окончание текста у Серёжи? Зайчик ел морковку, а кошка пила молоко. Так они дружили.

Потому  что  здесь о дружбе  ничего  не  сказано, а  только  об  их гастрономических пристрастиях. Вот если  бы  кто-то  уступил  свое  блюдо другому   или  хотя бы предложил , например кошка, угостила  бы  зайку молоком, тогда  может быть можно было бы  что-то подумать о дружбе.