чем выражается подлежащее в предл.: На всех ветках сидели по два соловья, по три синицы.

предлог тоже входит?

нет,не входит.

тогда к чему относится предлог?

Относится к числительному. Сидели "сколько? в каком количестве?" , "по два соловья,по три синицы" и так далее.Но в состав подлежащего не входит.

Большое спасибо. И все же предлог всегда сочетается с каким- нибудь словом. С каким же? Может подлежащее здесь выражено косвенным падежом7

Числительное + существительное