Почему буквы е, ё, ю, я называют йотированными? Какие еще буквы можно было бы также считать йотированными? В чем их отличие от е, ё, ю, я?

потому что если они стоят после гласной или после мягкого знака то они произносятся как [йэ][йо][йу][йа]

е, ё, ю, я называют йотированными, т. .к они состоят из двух звуков, один из которых [й]

е [й][э]

ё [й][о]

ю [й][у]

я [й][а]