почему нельзя считать в наше время однокоренными слова конь, конюх, конюшня и коньки, конькобежец

потому что это разные значения.и конь конюх конюшня это то что относится к лошади ,а стальное к спорту.

Они имеют разные значения, а в однокоренных значения похожи.