почему слова он и пенал это разные части речи?

ПЕНАЛ (что?) → обозначает предмет, значит это СУЩЕСТВИТЕЛЬНОЕ.

ОН (что?/кто?) → не называет конкретный предмет, а только указывает на него. Это МЕСТОИМЕНИЕ.

Пример: Он улетел прочь (Непонятно, о ком/чём идёт речь - самолёт, мужчина, воробей).

Пенал лежал на столе (Речь идёт о конкретном предмете - пенале).