Не прошло и минуты — снег снова густо завалил плюшевую куртку, и она подумала, что напрасно отряхивается: лучше поберечь варежки, которые и без того промерзли насквозь и не грели.

надо расставить скобки и объяснить почему ставятся эти знаки препинания...

запятая перед "и" ставится потому что две грамматические основы "снег завалил" и "она подумала", перед "что" ставится потому что это союз, перед "которые" это тоже союз.