в каком случаи в транскрипции пишутся запятые?

запятая пишется место мягкого знака?

Нет

нет, мягкий знак вообще в транскрипции не пишется, но над мягким звуком ставится запятая для ОБОЗНАЧЕНИЯ мягкости

для обозначения мягкости согласного звука

пять - транскрипция: п (потом вверху над П запятая, т.к. П - мягкий) + а + т (потом вместо Ь внова вверху над т запятая т.к. Т - мягкий)

ц в транскрипции пишется ц?

ц в транскрипции пишется ц?

да, как одна буква Ц

для обозначения мягкости согласного звука

Запятые пишутся над мягким согласным звуком для обозначения чего? - мягкости