У хозяина бывало минутами плохое настроение, часто от него пахло одеколоном – запахом, никогда не встречающимся в природе.
ПОЧЕМУ ПОСЛЕ "одеколоном-запахом" ставится запятая?

У хозяина бывало минутами плохое настроение, часто от него пахло одеколоном – запахом, никогда не встречающимся в природе.

почему после "не было случая" пишется запятая?

 ....никогда не встречающимся в природе - это причастный оборот, стоящий после определяемого слова запахом, который всегда обособляется

Запятая ставится после определяемого слова одеколоном- запахом, перед обособленным опеределением (никогда не встречающимся в природе), выраженным причастным оборотом