почему слово кофе отличается от других слов по роду

Это слово иноязычное, пришло из голландского языка.Употребляли русские классики в мужском роде в соответствии с правилами французского языка. На данный момент  (с 2002 года) официально разрешено двоякое употребление слова: и в муж.роде, и в среднем роде.